弹道导弹顾名思义是遵守弹道学规则的导弹。弹道导弹虽然是用火箭发动机发射升空，但并不是全程都有动力，到达弹道顶端后，发动机就关机或者抛弃了，然后弹头沿着预定的弹道自由落体，最终砸到目标区域内，其运动轨迹是早早计算好的，除部分机动弹头外，弹头进入下降段后弹道是无法更改的。

巡航导弹是在大气层内移动攻击，发射前需要向导弹提前输入攻击坐标数据、制定飞行航线、输入3D航线地图，发射后依靠卫星引导等多个条件进行攻击，同时导弹飞行时也会利用扫描仪器跟数据进行比对，也可以调整飞行高度等，所以巡航导弹的精度更高，但是碰到我们这种有先进雷达和防御系统的土豪大国一般是可以拦截的，而且拦截率很高。

弹道导弹和巡航导弹最大的不同在于他们的弹道。弹道导弹装的是火箭发动机，主要靠规定的抛物线，即弹道飞行，中远程导弹会再入大气层以获得更大的动能，十分难以拦截，近程导弹在大气层内部飞行。道道导弹的末段速度非常快，甚至能超过20倍音速。

弹道导弹没有翼，不会自己调整飞行方向，在燃烧完动力燃料后，就只能根据现有的速度，朝目标飞去。为了覆盖广大的距离，弹道导弹必需发射很高，进入空中或太空，进行亚轨道宇宙飞行。对于洲际导弹，中途高度大约为1200公里。如果要是因为前期计算不准确，那么弹道导弹也就只能是打不准目标了。

巡航导弹的弹道是可变的，既可以根据制导途中的数个数据点实现变轨，也可以根据地形匹配、卫星定位等手段变轨。大部分巡航导弹为亚音速，少数是全程超音速巡航；有的巡航导弹只在末端超音速飞行，以亚音速做中距巡航。

弹道导弹的飞行轨道是抛物线，就像用手扔石头一样，往往根据出手时的力度，扔出的角度就能判断落点，整过飞行轨道就是一条抛物线。巡航导弹就相当于一架无人飞机，飞行轨道不确定，而是根据目标的移动而改变飞行轨迹，落点很难判断。

发射方式有别，前者有陆基井丶公路铁路机动、海基潜艇、空基战略轰炸机；后者有车载、潜艇、飞机。

任务不同，前者中远程以上核武器遂行战略任务，前者的中近程常规及后者主要遂行战役任务。

管辖有别，前者的中远程以上核武属属国家战略武器，中俄属战略火箭军，美国分属战略空军和海军；前者的近程常规及后者多属战区武器。